From kfrohne at gfbio.org Thu Apr 16 05:46:00 2026 From: kfrohne at gfbio.org (Frohne, Katharina) Date: Thu, 16 Apr 2026 05:46:00 +0000 Subject: [NFDI4Biodiversity Community] =?windows-1252?q?Noch_Pl=E4tze_ver?= =?windows-1252?q?f=FCgbar=3A_Workshop_=2825=2E/26=2E06=2E=29_zu_=84AI_too?= =?windows-1252?q?ls_for_metadata_extraction_and_enrichment_in_sequence_da?= =?windows-1252?q?tabases=93?= In-Reply-To: <2f154a366a6e4fc797a2ae41f5239eed@gfbio.org> References: , <83F52C27-7FE4-4DC8-AAC2-DFCBF24C30CA@gfbio.org>, <2f154a366a6e4fc797a2ae41f5239eed@gfbio.org> Message-ID: <32f4545e85944b9e979c29d1fbc1be9f@gfbio.org> Liebe Mitglieder, Freundinnen und Freunde des NFDI4Biodiversity-Netzwerks, hiermit m?chten wir Sie noch einmal an den kommenden Workshop im Rahmen des NFDI4Biodiversity Topic Tables ?AI tools for metadata extraction and enrichment in sequence databases? am 25. und 26. Juni 2026 erinnern. F?r die Teilnahme vor Ort sind aktuell noch Pl?tze verf?gbar. Zudem wurde das Zimmerkontingent im vorgesehenen Hotel bis zum 24. April verl?ngert. Alle weiteren Informationen zum Workshop finden Sie in der untenstehenden urspr?nglichen Ank?ndigung. Wir freuen uns auf Ihre Teilnahme und den gemeinsamen Austausch! Viele Gr??e Katharina Frohne ________________________________ Von: Frohne, Katharina Gesendet: Donnerstag, 5. M?rz 2026 12:25 Liebe Mitglieder, Freundinnen und Freunde des NFDI4Biodiversity-Netzwerks, im Rahmen des NFDI4Biodiversity Topic Tables zum Thema ?AI tools for metadata extraction and enrichment in sequence databases? laden wir Sie herzlich zu einem ersten Workshop am 25. und 26. Juni 2026 ein. Ziel des Topic Tables ist es, Akteur:innen aus Forschung, Dateninfrastrukturen und Tool-Entwicklung zusammenzubringen, um aktuelle Ans?tze zum KI-gest?tzten Extrahieren und Anreichern von Metadaten aus Sequenzdaten zu diskutieren und gemeinsame Perspektiven zu entwickeln. Der Workshop wird von Kolleg:innen des Leibniz-Instituts f?r Ostseeforschung Warnem?nde (IOW) organisiert und bildet den Auftakt einer Reihe von drei Veranstaltungen ?ber das kommende Jahr hinweg. Neben Impulsvortr?gen steht insbesondere der Austausch ?ber bestehende Tools, offene Herausforderungen und m?gliche gemeinsame Standards im Fokus. Als Ergebnis des Topic Tables ist unter anderem ein gemeinsames White Paper geplant. Im Folgenden finden Sie die Einladung mit allen organisatorischen Details. Beste Gr??e Katharina Frohne Dear NFDI4Biodiversity community and beyond, as part of an NFDI4Biodiversity Topic Table on ?AI tools for metadata extraction and enrichment in sequence databases?, we would like to invite you to our first workshop (out of three that will happen over the next year): When: 25.06.2026 (full day) & 26.06.2026 (morning) Where: Leibniz Institute for Baltic Sea Research Warnem?nde (IOW) & online Registration link: https://forms.gle/cYb1XKNswdRLpjcR6 Registration deadline: 30.04.2026 (in person) | 31.05.2026 (online) Background: Machine-readable, standards-compliant metadata are the foundation for the automated reuse of scientific data. In recent years, petabytes of sequencing data have been generated worldwide and made available through public archives. For biodiversity research, these data hold enormous potential?yet the associated metadata are often minimal and not interoperable. Crucial contextual information is frequently available only in free-text descriptions, making it difficult to access and process automatically. At the same time, advances in AI models open up new possibilities for systematically analyzing such unstructured text and extracting or enriching metadata. Numerous projects are developing corresponding tools, but often without close coordination. This Topic Table aims to foster exchange, create synergies, advance common standards, and address key challenges such as quality assurance, interoperability, and long-term sustainability. Preliminary agenda for the first workshop: 25.06.2026 09:00 - 13:00 Keynotes: Stephanie Jurburg (UFZ) & Frank Kr?ger (Hochschule Wismar) Discussion: Status quo - Current tools and ongoing developments for AI-assisted extraction of machine-readable standard-compliant metadata from unstructured sources of text. Joint lunch 14:00 - 18:00 Keynotes: Joana Pauperio (EMBL EBI) & TBD Discussion: Quo vadis ? Which tools are missing? What are the pitfalls and problems of current approaches? What do we need and where should it be implemented? Joint dinner 26.06.2026 09:00 - 13:00 A white paper is planned as the output of this topic table. This wrap-up session is about setting up the structure of the paper and assigning tasks in preparation for the second topic table. General information: The registration procedure includes a short survey to help us prepare the workshop. It should take ~ 5 minutes to complete it. In person participation is limited to 12 people. Places will be assigned first come, first served. Online participation will be more flexible. Participation is possible for both days of the workshop or only for the first day depending on how active you would like to contribute to the white paper. For accommodation, a contingent of rooms has been reserved at a WIROtel in Warnem?nde (https://wirotel.wiro.de/wirotel-warnemuende.html) until 31.03.2026 (110 - 140? per night, minimum 2 nights). Alternative accommodation may be available in the youth hostel (https://www.jugendherberge.de/jugendherbergen/warnemuende/) or in the City of Rostock. If you have any questions about the workshop, please contact Christiane Hassenr?ck (christiane.hassenrueck at iow.de). -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: From kfrohne at gfbio.org Wed Apr 22 08:50:23 2026 From: kfrohne at gfbio.org (Frohne, Katharina) Date: Wed, 22 Apr 2026 08:50:23 +0000 Subject: [NFDI4Biodiversity Community] =?windows-1252?q?Gemeinsam_an_L=F6?= =?windows-1252?q?sungen_arbeiten=3A_Das_bewegt_die_Topic_Tables_=26_Flexf?= =?windows-1252?q?unds_2026?= Message-ID: <867aad48b28b49968aecc0142ebedb4d@gfbio.org> Liebe Mitglieder, Freundinnen und Freunde des NFDI4Biodiversity-Netzwerks, mit der Community f?r die Community: Mehr als 50 Engagierte aus 34 Institutionen in ganz Deutschland arbeiten aktuell in den NFDI4Biodiversity Topic Tables und Flexfunds daran, konkrete L?sungen f?r den Umgang mit Biodiversit?tsdaten zu entwickeln. Was bewegt die Teams? Die Themen sind so vielf?ltig wie die Community selbst ? und zugleich zentral f?r viele von Ihnen. Die Topic Tables widmen sich dieses Jahr folgenden Fragestellungen: * Wie k?nnen Metadaten mithilfe von KI besser erschlossen werden? * Wie lassen sich historische Biodiversit?tsdaten systematisch digitalisieren und nutzbar machen? * Wie k?nnen Daten in der Pflanzenforschung FAIR und besser vernetzt werden? * Wie gelingt die Integration von Citizen-Science-Daten ins Gew?ssermonitoring? Parallel dazu setzen Flexfunds-Projekte gezielt dort an, wo schnelle, praxisnahe L?sungen gebraucht werden ? etwa * beim Aufbau eines Helpdesks f?r Mikrobiom-Daten, * bei der Aufbereitung landwirtschaftlicher Nutzungsdaten oder * bei Workflows zur Erschlie?ung historischer Tageb?cher. Wer steckt dahinter? Die Arbeiten entstehen in enger Zusammenarbeit vieler Partner aus Forschung, Infrastruktur und Praxis ? interdisziplin?r, institutions?bergreifend und nah an den Bedarfen der Community. Als NFDI4Biodiversity schaffen wir daf?r den Rahmen: Wir bringen Akteur:innen zusammen, w?hlen Projektideen aus, die das Arbeitsprogramm des Konsortiums gewinnbringend erg?nzen, unterst?tzen die Zusammenarbeit und machen Ergebnisse & Erfolge sichtbar. Neugierig geworden? Mehr zu den Themen, Teams und beteiligten Institutionen finden Sie ab sofort auf unserer Webseite: * Topic Tables * Flexfunds Wir werden die Entwicklungen weiterhin begleiten und regelm??ig Einblicke in Ergebnisse und Fortschritte geben. Einen kurzen ?berblick bietet auch unser aktueller LinkedIn-Beitrag ? wir freuen uns, wenn Sie ihn in Ihren Netzwerken teilen. Beste Gr??e Katharina Frohne -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: