From kfrohne at gfbio.org Wed Mar 4 13:16:00 2026 From: kfrohne at gfbio.org (Frohne, Katharina) Date: Wed, 4 Mar 2026 13:16:00 +0000 Subject: [NFDI4Biodiversity Community] =?windows-1252?q?Reminder=3A_Flexf?= =?windows-1252?q?unds_=26_Topic_Table_Calls_2026_bis_31=2E03=2E_ge=F6ffne?= =?windows-1252?q?t!?= In-Reply-To: <8441b669e28f4dbaa2406fd2c91c8b5c@gfbio.org> References: <8441b669e28f4dbaa2406fd2c91c8b5c@gfbio.org> Message-ID: <7d568c2ee67549978a3bcd199a079e17@gfbio.org> Liebe NFDI4Biodiversity-Community, hiermit m?chten wir euch noch einmal an die bis Ende M?rz offenen Topic Table & Flexfunds Calls 2026 erinnern. Alle Infos findet ihr in unserer fr?heren Mail unten. Wir freuen uns auf eure Ideen! Zudem m?chten wir euch darauf hinweisen, dass die zweite Umfrage zur Abstimmung bzw. Interessenbekundung zu Topic-Table-Themen nun ge?ffnet ist. Ihr findet sie hier. Viele Gr??e Katharina ________________________________ Liebe NFDI4Biodiversity-Community, es ist soweit! Die Calls zur Einreichung von Flexfunds-Projekten und Topic Tables sind ge?ffnet ? und wir freuen uns auf eure Beitr?ge! Bringt eure Ideen ein ? ob f?r flexible Projekte oder f?r zentrale Themen und Fragestellungen im Bereich des Forschungsdatenmanagements (FDM) in der Biodiversit?tsforschung. Gemeinsam entwickeln wir L?sungen und praxisnahe Tools, um die Arbeit mit Biodiversit?tsdaten voranzubringen. Hier geht es zu den Calls: * Flexfunds-Projekt Call 2026 * Topic Tables Call 2026 Um euch einen Einblick in Topic Tables zu geben, findet ihr hier bereits gesammelte Ideen. Im Februar wird es ein Matchmaking-Event geben, bei dem ihr Gelegenheit habt, Gleichgesinnte zu finden, mit denen ihr eure Fragestellungen gemeinsam bearbeitet k?nnt. Einreichungsfrist f?r beide Calls ist der 31.03.2026 (23:59 Uhr). Bei Fragen wendet euch an die entsprechenden Ansprechpartner:innen: * Flexfunds-Projekte Jan-Ocko Heuer (joheuer at gfbio.org) * Topic Tables: Sarah Fischer (fischer.sarah at fbn-dummerstorf.de) Wenn ihr weitere Personen kennt, f?r die diese Calls von Interesse sein k?nnten, leitet diese Mail gerne weiter. Vielen Dank und viel Erfolg bei der Bewerbung! Viele Gr??e Maria & Sarah (im Auftrag der NFDI4Biodiversity Coordination and Community Engagement Task Areas) -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: From kfrohne at gfbio.org Thu Mar 5 11:25:52 2026 From: kfrohne at gfbio.org (Frohne, Katharina) Date: Thu, 5 Mar 2026 11:25:52 +0000 Subject: [NFDI4Biodiversity Community] =?windows-1252?q?Einladung=3A_Work?= =?windows-1252?q?shop_=2825=2E/26=2E06=2E=29_zu_=84AI_tools_for_metadata_?= =?windows-1252?q?extraction_and_enrichment_in_sequence_databases=93?= In-Reply-To: <83F52C27-7FE4-4DC8-AAC2-DFCBF24C30CA@gfbio.org> References: , <83F52C27-7FE4-4DC8-AAC2-DFCBF24C30CA@gfbio.org> Message-ID: <2f154a366a6e4fc797a2ae41f5239eed@gfbio.org> Liebe Mitglieder, Freundinnen und Freunde des NFDI4Biodiversity-Netzwerks, im Rahmen des NFDI4Biodiversity Topic Tables zum Thema ?AI tools for metadata extraction and enrichment in sequence databases? laden wir Sie herzlich zu einem ersten Workshop am 25. und 26. Juni 2026 ein. Ziel des Topic Tables ist es, Akteur:innen aus Forschung, Dateninfrastrukturen und Tool-Entwicklung zusammenzubringen, um aktuelle Ans?tze zum KI-gest?tzten Extrahieren und Anreichern von Metadaten aus Sequenzdaten zu diskutieren und gemeinsame Perspektiven zu entwickeln. Der Workshop wird von Kolleg:innen des Leibniz-Instituts f?r Ostseeforschung Warnem?nde (IOW) organisiert und bildet den Auftakt einer Reihe von drei Veranstaltungen ?ber das kommende Jahr hinweg. Neben Impulsvortr?gen steht insbesondere der Austausch ?ber bestehende Tools, offene Herausforderungen und m?gliche gemeinsame Standards im Fokus. Als Ergebnis des Topic Tables ist unter anderem ein gemeinsames White Paper geplant. Im Folgenden finden Sie die Einladung mit allen organisatorischen Details. Beste Gr??e Katharina Frohne Dear NFDI4Biodiversity community and beyond, as part of an NFDI4Biodiversity Topic Table on ?AI tools for metadata extraction and enrichment in sequence databases?, we would like to invite you to our first workshop (out of three that will happen over the next year): When: 25.06.2026 (full day) & 26.06.2026 (morning) Where: Leibniz Institute for Baltic Sea Research Warnem?nde (IOW) & online Registration link: https://forms.gle/cYb1XKNswdRLpjcR6 Registration deadline: 30.04.2026 (in person) | 31.05.2026 (online) Background: Machine-readable, standards-compliant metadata are the foundation for the automated reuse of scientific data. In recent years, petabytes of sequencing data have been generated worldwide and made available through public archives. For biodiversity research, these data hold enormous potential?yet the associated metadata are often minimal and not interoperable. Crucial contextual information is frequently available only in free-text descriptions, making it difficult to access and process automatically. At the same time, advances in AI models open up new possibilities for systematically analyzing such unstructured text and extracting or enriching metadata. Numerous projects are developing corresponding tools, but often without close coordination. This Topic Table aims to foster exchange, create synergies, advance common standards, and address key challenges such as quality assurance, interoperability, and long-term sustainability. Preliminary agenda for the first workshop: 25.06.2026 09:00 - 13:00 Keynotes: Stephanie Jurburg (UFZ) & Frank Kr?ger (Hochschule Wismar) Discussion: Status quo - Current tools and ongoing developments for AI-assisted extraction of machine-readable standard-compliant metadata from unstructured sources of text. Joint lunch 14:00 - 18:00 Keynotes: Joana Pauperio (EMBL EBI) & TBD Discussion: Quo vadis ? Which tools are missing? What are the pitfalls and problems of current approaches? What do we need and where should it be implemented? Joint dinner 26.06.2026 09:00 - 13:00 A white paper is planned as the output of this topic table. This wrap-up session is about setting up the structure of the paper and assigning tasks in preparation for the second topic table. General information: The registration procedure includes a short survey to help us prepare the workshop. It should take ~ 5 minutes to complete it. In person participation is limited to 12 people. Places will be assigned first come, first served. Online participation will be more flexible. Participation is possible for both days of the workshop or only for the first day depending on how active you would like to contribute to the white paper. For accommodation, a contingent of rooms has been reserved at a WIROtel in Warnem?nde (https://wirotel.wiro.de/wirotel-warnemuende.html) until 31.03.2026 (110 - 140? per night, minimum 2 nights). Alternative accommodation may be available in the youth hostel (https://www.jugendherberge.de/jugendherbergen/warnemuende/) or in the City of Rostock. If you have any questions about the workshop, please contact Christiane Hassenr?ck (christiane.hassenrueck at iow.de). -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: From kfrohne at gfbio.org Thu Mar 5 12:20:20 2026 From: kfrohne at gfbio.org (Frohne, Katharina) Date: Thu, 5 Mar 2026 12:20:20 +0000 Subject: [NFDI4Biodiversity Community] BiodiversiTea (17.03., 11-12 Uhr): Cloud-based Workflow Manager (CloWM) Message-ID: <350acbef37934d57888961f95603a89a@gfbio.org> Liebe Mitglieder, Freundinnen und Freunde des NFDI4Biodiversity-Netzwerks, in vielen Forschungsbereichen werden komplexe Analysepipelines eingesetzt, um gro?e Datenmengen auszuwerten. Damit solche wissenschaftlichen Workflows effizient, skalierbar und reproduzierbar ausgef?hrt werden k?nnen, kommen zunehmend cloudbasierte Infrastrukturen zum Einsatz. Gleichzeitig sind viele dieser Workflows technisch anspruchsvoll und setzen Erfahrung mit entsprechenden Tools und Rechenumgebungen voraus. Im n?chsten BiodiversiTea (17.03.2026, 11?12 Uhr) stellt uns Dr. Michael Beckstette den Cloud-based Workflow Manager (CloWM) vor ? eine offene, webbasierte Plattform f?r die skalierbare und reproduzierbare Ausf?hrung wissenschaftlicher Pipelines in der Cloud. CloWM fungiert als benutzerfreundliche Br?cke zwischen komplexen Workflows ? etwa solchen, die mit Nextflow erstellt wurden ? und leistungsf?higer Cloud-Infrastruktur, insbesondere der de.NBI Cloud. Forschende k?nnen ?ber eine Weboberfl?che aus einem kuratierten Katalog von derzeit ?ber 50 Best-Practice-Workflows ausw?hlen, Parameter konfigurieren und Analysen ausf?hren, ohne selbst mit Kommandozeilenwerkzeugen oder Servermanagement arbeiten zu m?ssen. Durch die Kombination aus integrierter S3-Speicherunterst?tzung, einer cloudbasierten Ausf?hrungsschicht und einer intuitiven Benutzeroberfl?che tr?gt CloWM dazu bei, datenintensive Forschung transparent und reproduzierbar zu gestalten. In der Session erhalten wir einen ?berblick ?ber die Plattform und ihre Funktionen ? erg?nzt durch eine kurze Demo. Wann und wo? Dienstag, 17. M?rz 2026 | 11:00 ? 12:00 Uhr | Online | Sprache: Englisch Unser Referent Dr. Michael Beckstette, Bielefeld Institute for Bioinformatics Infrastructure (BIBI) Link zur Anmeldung und n?here Infos https://www.nfdi4biodiversity.org/de/events/biodiversitea-21/ Die Session ist wie immer offen f?r alle! Teilen Sie diese Einladung und unseren LinkedIn-Post zum Thema gern mit Ihrem Netzwerk. ?ber das Format BiodiversiTea ist ein offenes Austauschformat zu Projekten, Tools und Themen aus der NFDI4Biodiversity-Community ? bei einer Tasse Tee (oder Kaffee). Die Veranstaltung findet jeden dritten Dienstag im Monat von 11 bis 12 Uhr statt und ist offen f?r alle; eine Zugeh?rigkeit zur Community ist nicht erforderlich. Kommende Sessions finden Sie hier. Mitmachen Fragen zum Format oder Interesse, selbst eine Session zu gestalten? Schreiben Sie uns gern an helpdesk at nfdi4biodiversity.org. Session verpasst? Viele der fr?heren Themen sind auf YouTube zu finden. Beste Gr??e Katharina Frohne & Judith Engel -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: From eisner at sub.uni-goettingen.de Mon Mar 9 14:54:17 2026 From: eisner at sub.uni-goettingen.de (Eisner, Marthe Irene) Date: Mon, 9 Mar 2026 14:54:17 +0000 Subject: [NFDI4Biodiversity Community] =?utf-8?q?Flexfunds=3A_GBIF-Frages?= =?utf-8?b?dHVuZGUgZsO8ciBBbnRyYWdzdGVsbGVyOmlubmVuIOKAkyAxMi4wMy4sIDEx?= =?utf-8?b?4oCTMTIgVWhy?= Message-ID: <1f16b40619664822a16e8d2caf566f55@sub.uni-goettingen.de> Liebe Mitglieder und Freund:innen der NFDI4Biodiversity-Community, am 26.02. fand unser Matchmaking-Event zu den aktuellen Flexfunds-Calls und Topic Tables statt. Dabei wurde deutlich, dass einige von euch Interesse haben, ihre Daten an GBIF bzw. LAND anzubinden (z.?B. ?ber IPT oder BioCASe). Wir laden deshalb alle Partner:innen, die beim aktuellen Call mit Deadline 31.03.2026 in ihrem Antrag eine solche Anbindung planen, zu einer Fragestunde ein, um offene Fragen zu kl?ren und den realistischen Arbeitsaufwand abzusch?tzen. Anwesend sein werden: * J?rg Holetschek (BGBM): BioCASe-Provider-Kontakt, erfahren in mehreren Datenpublikationen zu GBIF * Thore Engel (iDiv): LAND-Kontaktperson, ebenfalls erfahren bei Datenpublikationen Bitte beachtet: Wir werden die genutzten Standards nicht von Grund auf vorstellen. Kommt m?glichst gut vorbereitet, besprecht euer Vorhaben intern mit eurer IT und kl?rt, was institutionell m?glich ist. Termin der Fragestunde: Donnerstag, 12.03.2026 Zeit: 11:00?12:00 Uhr Ort: Zoom Teilnahme: Zoom (Link) | Meeting-ID: 825 2979 8283 | Kenncode: 274590 Hilfsmaterial zu GBIF-Datensubmission: * GBIF Quick Guide to Data Publishing * IPT Intro (inkl. drei Videos) * IPT Manual * DwC Quick Reference Guide * DwC Text Guide (DwC archives) * DwC Archive Validator Im Anhang findet ihr au?erdem die Einladung als ICS-Kalendereintrag. Wir freuen uns auf eure Teilnahme! Euer Flexfunds-Team Sarah Fischer, Jan-Ocko Heuer, Maria Meister Marthe I. Eisner Communications | NFDI4Biodiversity | Base4NFDI Nieders?chsische Staats- und Universit?tsbibliothek G?ttingen ?? eisner at sub.uni-goettingen.de ? Web: SUB G?ttingen | NFDI4Biodiversity | Base4NFDI ? LinkedIn: NFDI4Biodiversity | Base4NFDI -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: -------------- next part -------------- A non-text attachment was scrubbed... Name: FF_TT-Call_ Fragerunde GBIF-Schnittstellen.ics Type: text/calendar Size: 4736 bytes Desc: FF_TT-Call_ Fragerunde GBIF-Schnittstellen.ics URL: From kfrohne at gfbio.org Tue Mar 24 10:08:33 2026 From: kfrohne at gfbio.org (Frohne, Katharina) Date: Tue, 24 Mar 2026 10:08:33 +0000 Subject: [NFDI4Biodiversity Community] =?windows-1252?q?Final_Reminder=3A?= =?windows-1252?q?_Flexfunds_=26_Topic_Table_Calls_2026_bis_31=2E03=2E_ge?= =?windows-1252?q?=F6ffnet!?= In-Reply-To: <7d568c2ee67549978a3bcd199a079e17@gfbio.org> References: <8441b669e28f4dbaa2406fd2c91c8b5c@gfbio.org>, <7d568c2ee67549978a3bcd199a079e17@gfbio.org> Message-ID: <9168bfd0a1ec41149a2a74db38b7747b@gfbio.org> Liebe Mitglieder und Freund:innen der NFDI4Biodiversity-Community, eine Woche vor Einreichungsschluss am 31.03. m?chten wir euch noch einmal an die Topic Table & Flexfunds Calls 2026 erinnern. Alle Informationen findet ihr in den beiden E-Mails unten. Wir freuen uns auf eure Projektideen! Beste Gr??e Katharina (im Namen des Orgateams) ________________________________ Von: Frohne, Katharina Gesendet: Mittwoch, 4. M?rz 2026 14:16 Liebe NFDI4Biodiversity-Community, hiermit m?chten wir euch noch einmal an die bis Ende M?rz offenen Topic Table & Flexfunds Calls 2026 erinnern. Alle Infos findet ihr in unserer fr?heren Mail unten. Wir freuen uns auf eure Ideen! Zudem m?chten wir euch darauf hinweisen, dass die zweite Umfrage zur Abstimmung bzw. Interessenbekundung zu Topic-Table-Themen nun ge?ffnet ist. Ihr findet sie hier. Viele Gr??e Katharina ________________________________ Liebe NFDI4Biodiversity-Community, es ist soweit! Die Calls zur Einreichung von Flexfunds-Projekten und Topic Tables sind ge?ffnet ? und wir freuen uns auf eure Beitr?ge! Bringt eure Ideen ein ? ob f?r flexible Projekte oder f?r zentrale Themen und Fragestellungen im Bereich des Forschungsdatenmanagements (FDM) in der Biodiversit?tsforschung. Gemeinsam entwickeln wir L?sungen und praxisnahe Tools, um die Arbeit mit Biodiversit?tsdaten voranzubringen. Hier geht es zu den Calls: * Flexfunds-Projekt Call 2026 * Topic Tables Call 2026 Um euch einen Einblick in Topic Tables zu geben, findet ihr hier bereits gesammelte Ideen. Im Februar wird es ein Matchmaking-Event geben, bei dem ihr Gelegenheit habt, Gleichgesinnte zu finden, mit denen ihr eure Fragestellungen gemeinsam bearbeitet k?nnt. Einreichungsfrist f?r beide Calls ist der 31.03.2026 (23:59 Uhr). Bei Fragen wendet euch an die entsprechenden Ansprechpartner:innen: * Flexfunds-Projekte Jan-Ocko Heuer (joheuer at gfbio.org) * Topic Tables: Sarah Fischer (fischer.sarah at fbn-dummerstorf.de) Wenn ihr weitere Personen kennt, f?r die diese Calls von Interesse sein k?nnten, leitet diese Mail gerne weiter. Vielen Dank und viel Erfolg bei der Bewerbung! Viele Gr??e Maria & Sarah (im Auftrag der NFDI4Biodiversity Coordination and Community Engagement Task Areas) -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: